Código PHP:
Ver original// Con esto la hora siempre será la misma
echo "alert('".date("h:i:s",time())."');";
La función date() de PHP te devolverá la hora del sistema en el momento de generar ese echo y, el navegador siempre tendrá esa misma hora, hasta que vuelvas a cargar la página.
Debes revisar las funciones de Javascript para fecha y hora:
http://www.w3schools.com/jsref/jsref_obj_date.asp