Con archivos de video pueden pasar mil cosas
Un par de alternativas:
1) Consulta con un programa como Gspot los codecs de ese video específico (no recuerdo si reconoce mp4)
2) Convierte en otro formato.
Hay a veces otro problema, y es que ciertos programas no reconocen ciertos valores de resolución. Por ejemplo, estábamos platicando del formato 16:9 para dvd y un tamaño de 854 no lo reconocen ciertas aplicaciones y 852 sí.
Al final haz pruebas y encuentra tu própio método.