Nombres de Archivo incompatibles con windows

[AlvaroG]

Me ha pasado. Es uno de los problemas más molestos que tiene el manejador de NTFS de Linux: si está escribiendo hacia un sistema de archivos de Windows, no debería escribirlos en una ruta donde Windows no lo pueda leer.

Usa Linux para copiar los archivos, ya que por lo que entiendo es el disco de origen el del problema, ¿no?
Intenta acortar la ruta origen y destino (al menos en principio, quizás copiar desde/hacia C:\ en vez de C:\Users\Fulano)
No creo que encuentres un sistema automático que te acorte el nombre de las carpetas, por lo que tendrás que inventarte un sistema. Una forma posible sería hacer carpetas nuevas que sean la suma md5 de la ruta original. El largo se conserva dentro de lo permitido, y los archivos siguen separados por carpetas (se pierde, sin embargo, el nombre de la carpeta original, a menos claro que vayas generando un archivo de texto con las rutas y sus sumas para luego comparar)


Saludos.