- No tiene sistema de templates, PHP con HTML incrustado
- No tienes un layout general
- No hay modulos
- No tiene un ORM
- Los controladores no cargan por defecto las vistas
- Las vistas no tienen un orden por defecto (eg Controlador/Metodo) y eso causa un gran dolor de cabeza cuando agarras proyectos de alguien mas ya que no tiene un estandar es esto
- Hay algunas cosas que no se pueden configurar y tienes que tocar el core, haciendo tu aplicacion inmantenible, por ejemplo el captcha, las configuraciones que trae por defecto no se pueden cambiar desde algún archivo de configuración y tienes que modificar el core directamente
Nota: Se que muchas cosas que puse se pueden hacer instalando complementos, pero de que sirve un framework al que se le tienen que agregar complementos, se supone que un framework es un conjunto de librerias para facilitar el desarrollo, aparte que codeigniter no tiene plugins nativos ni nada por el estilo