He conseguido un pequeño avance en lo que se refiere a la ruta de las librerías para poder ponerlas dentro de las carpetas.
Añadiendo el siguiente código al archivo
app.config que se encuentra dentro del proyecto.
Código XML:
Ver original<runtime>
<assemblyBinding xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1">
<probing privatePath="Librerias;Librerias\x86;Librerias\x64"/>
</assemblyBinding>
</runtime>
Añadir debajo de <configSections></configSections> ya que si se pone por encima tirará error en la ejecución.
Aún no me distingue las x86 de las x64 para que se carge la correspondiente a la versión de windows.
Sigo investigando la manera de hacerlo ;)