Javascript no puede acceder a las variables de php.
Podrías colocar la variable php en un elemento html (un input:hidden si estas usando un formulario)
Código HTML:
Ver original<input id="mivariable" type="hidden" value="<?php echo $mivariable; ?>" />
<span id="tuotravar" style="display:none;"><?php echo $tuotravar; ?></span>
de modo que cuando termine la ejecución quede algo así...
Código HTML:
Ver original<input id="mivariable" type="hidden" value="valor de tu variable" /> <span id="tuotravar" style="display:none;">otro valor
</span>
y luego (ya que estas con jquery) puedas acceder con .val() o .text()
Código CSS:
Ver originalalert($("#mivariable").val());
alert($("#tuotravar").text());
Esto de enredar código de varios lenguajes se conoce como "codigo spaghetti" y está 100% desaconsejado si tu intención es tener un código legible y mantenible. Si por el contrario, solo quieres salir del paso, pues adelante :D
Saludos.