hola:
algo que puedes hacer ( y yo lo hago tambien) es continuar haciendo tus tablas con porcentajes (para que la pagina no se vea incompleta en otras resoluciones de pantalla) y agregar un grafico del ancho minimo que quieres que sea la tabla al minimizar la ventana (algo asi como una linea HR) del mismo color del fondo o transparente.
asi al minimizar la ventana el grafico impedira que los objetos esten fuera de lugar.
el grafico (logicamente) debe estar dentro de la tabla en una sola celda que ocupe todo el ancho de la tabla (usando el colspan).