Template Power

[rapuig]

Buenas, estoy empezando con el uso de Template Power y estoy entendiendo cómo funciona, me surge una dudad:

Tengo un archivo ejemplo.tpl.html donde se encuentra todo el diseño de la página y ademas tengo un ejemplo.php que se encarga de crear el template para ese .tpl.html y asignar variables.

Qué me recomiendan en cuanto a directorios? En este momento tengo los dos archivos en la misma carpeta y me suena raro ya que siempre trabajo con los html en una raíz, los php en una carpeta "php", etc.

Y otra consulta, los links dentro de mi web deberían ser a los .php no?

Gracias! :)