Como sabrás, MyIsam no mantiene la integridad referencial. Si tú quieres que tu tabla innoDB la mantenga (lo que es su principal mejora respecto a MyIsam) deberás establecer las relaciones.
Si ya has convertido las tablas a InnoDB, tienes que establecer las restricciones como en el ejemplo sencillo que puedes ver aquí (abajo en los ejemplos):
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...nstraints.html
Se trata de establecer la Primary Key y la Foreign Key.