Lo mejor sería usar una cookie. Cuando hagas el traspaso del tema, con AJAX podés enviar al servidor el cambio de theme y este almacenaría una cookie en el cliente. Luego, usarías esa cookie para cargar el theme.
También podés usar cookies directamente con jQuery. Ahí podés almacenar la preferencia del usuario.
http://www.electrictoolbox.com/jquery-cookies/