Ah, eso es otra cosa :)
Podrías haber puesto el error completo para empezar, jaja.
No hay forma de corregir eso o de especificar un doctype para trabajar con DOMDocument. Desconozco si se puede (y no tengo ganas de probar o buscar ahora :P ) manipular esas etiquetas con DOMDocument.
Sin embargo si podés ignorar los warnings. Podés inhabilitar el reporte de errores de PHP (una vez que termines de desarrollar) o bien incluir esta línea:
después de
$dom = new DOMDocument();
De esa forma queda al usuario el manejo de los errores. Leé la documentación de
libxml_use_internal_errors para entender cómo hacerlo en forma correcta.