Yo pase algo similar y lo que hice fue pasar de 80 en 80 los registros ya que MySQL se va por time out.
En tu caso podrías hacer un ciclo en PHP o ASP para que te cargue entre ese rango hasta terminar.
Me puse a investigar un poco en mysql.com y encontre esto que talvés te pueda ayudar...
INSERT DELAYED Syntax
O intentando con otros parámetros del Insert...
INSERT Syntax