Java no es lo mismo que Javascript, por las dudas.
Cuando hagas el pop up con javascript solo tenes que poner el código donde gustes, podes ponerlo en el header y definir una función para llamarla luego, o ponerlo en el body directamente.
Código Javascript
:
Ver original<a href="#" onClick="window.open('/index.htm','popup','width=300,height=400')">Lanzar mal</a>
eso lo saque de acá
http://www.nosolousabilidad.com/arti...javascript.htm hay bastante en internet para ver