Una vez creas la ventana con open() usas document.write para añadirle el contenido que quieras, aunque lo más logico es tener otro fichero html o php que sea el que se abra, te pongo un ejemplo en el cual puedes ponerle código a la ventana abierta:
function AbrirVentana() {
MiVentana = window.open("","Ventana JavaScript","toolbar=no, status=no,
top=50, left=50, width=700, height=500");
MiVentana.document.write('<html>\n<head>\n<title>E sta es una ventana JavaScript</title>');
MiVentana.document.write('\n</head>\n<body>\n<div style="text-align:center">');
MiVentana.document.write('<h1>Este es un ejemplo de ventana generada con JavaScript</h1>\n');
MiVentana.document.write('Aqui puede ir el contenido que desees<br>\n');
MiVentana.document.write('<input type="button" value="Cerrar" onclick="window.close()">');
MiVentana.document.write('</div>\n</body>\n</html>');
MiVentana.document.close();
}