Es que no por ponerle el nombre "pie.html" se va a convertir mágicamente en un pie de página. ¿No tienes ningún estilo definido para #footer?
Supongo que sacando #footer de una o las dos capas que se cierran ahí, pueda resolverse tu problema. Pero de nuevo, si no sabemos el código que tiene la página principal o los estilos de CSS, más que conjeturas no sacaremos.
