Hola:
No tengo muy claro qué estás haciiendo..... parece raro.
La 1. lo de elegir o no un directorio es cosa de configuración del navegador. Ese mismo navegador, si descargas un fichero de otra página web, posiblemente tampoco te de opción.
La 2. Alguien llama a tu página, tu generas el fichero xml y zip sobre la marcha donde quieras y ... lo normal es que también generes la página sobre la marcha, al menos el href=".....
Código jsp:
Ver original<%
Codigo para generar el fichero xml, zip y lo que quierasn, por ejemplo en fichero.zip
String nombre = "fichero.zip"; // o lo que sea.
%>
...
<a href="<% out.print(nombre); %>descargar</a>
Se bueno.