Gracias por sus comentarios y tiempo invertido :)
Cita:
Iniciado por esteban_dc 
Usando array_walk_recursive se puede sin problemas
$my_array = array('algo' => 'nada', 'qwer' => array('uno' =>1, 'dos' =>2));
function base64array($item,$key,$array_encode){
$array_encode[$key] = base64_encode($item);
}
array_walk_recursive($my_array, 'base64array',&$array_encode);
print_r($array_encode);
Eso es exactamente lo que quería poder setear tando el indice como su valor.
ahora me preocupa esta alerta del navegador.
Deprecated: Call-time pass-by-reference has been deprecated in
Saludos!