Sí, los estás interpretando bien. El profiling lo hace cada request (
docs).
Revisa como te conectas a la base de datos (ORM, PDO, otros...). Puede que estén pidiendo a la BD pequeñas porciones de datos en tablas distintas. Si dices que tardan 0.0001 segundos puede que incluso ni se necesiten algunas de ellas
También deberías mirar si hay algún query que se repita (por ejemplo alguno metido en un bucle defectuoso).
Aunque 2000 me parecen bastante cantidad, sí.