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[tunait]

Seguramente en algún archivo CGI (pl)

Nunca he tocado CGI's pero mas o menos las estructuras generales de funcionamiento son similares.

Lo más probable es que para borrar un mensaje tengas un botón que diga "borrar" o delete o lo que sea. Mira a dónde envía ese botón. Si está en un form mira qué action tiene el form (a qué archivo manda)

Puede que apunte a un archivo sólo para elimiar o puede que mande a un archivo que haga varias funciones y reciba un parámetro de "delete" a través de la url.

A la hora de "hablar" con la base de datos algo falla y el registro no es eliminado. Digo yo que el fallo debe estar en ese archivo que se encargue de borrar, sea cual sea.

De todas formas estoy echando tiros al aire, pues yá te digo que nunca he trabajado con cgi's. No hago más que contar en "voz alta" mis suposiones en base a lo poco que sé de otros lenguajes del lado servidor a la hora de hacer lo mismo.