De casualidad tengo un equipo Linux (viejito) en una PYME exclusivamente para revisar USB Memory Key tanto del personal como de gente externa que requiera hacer alguna presentación.
Antivirus tal y como lo mencionó
AlvaroG clamav y una simple guía de como usarlo en PDF.
Eso de hacerlo automático, lo siento un poco ridículo porque quien no va a saber usar un ratón para darle doble click al icono del antivirus y luego seleccionar la unidad a desinfectar???
Mira este documento que te puede ayudar en algo:
Como eliminar archivos con virus de Windows desde GNU/Linux
Si quieren que sea automático, mejor te bajas algún live-cd antivirus para tal fin pero la BD de virus NO va a estar actualizada.
F-Secure te ofrece un live-cd basado en Linux donde podes descargar la BD más actual, tenerla en un USB Memory key y ella al iniciar, revisa la misma para estar actualizado.
Teniendo una distro Linux, con clamav y actualizarlo constantemente, junto con una guía, cualquiera puede utilizarlo.