hola vicenreler.
en lo personal no me gusta trabajar mucho utilizando el innerHTML o lo que es el $().html(); con jquery, ambos son lo mismo y se tienen que hacer otras verificaciones de la hoja.
la solucion a tu problema puede comerzar con utilizar el el .live() de jquery, este te permite hacer una leida nuevamente de la pagina como si la hubieras recargado, claro hay que hacer referencia al objeto que deseas modificar, te explico cuando tu insertas algo con .html(); aparece automaticamente en la hoja pero para el javascript que ya se econtraba en la pagina antes de insertar el nuevo codigo no le es posible leerlo, de esta manera tenemos que usar el .live() de jquery.
Código:
$("#div_innerhtml").live("click",function(){
});
ese div fue insertado con el innerHTML o .html(); entonces cuando lo desees usar nuevamente con un click necesitas hacer uso de el .live();
espero ayudarte con esta respuesta.