stop() acepta dos parmetros boleanos (true/false) para determinar de que forma se detiene la animación.
para show/hide, debes indicarle una parada completa [no solo de la cola] por lo que debes pasarle stop(true,true);
Los compañeros de desarrollo web hicieron una documentación sobre esto en español (se que aveces cuesta leer la oficial, yo tampoco soy muy bueno en ingles) bastante clara que seguramente te sirva bastante. Echale un vistazo y si aun tienes dudas, pues sigue preguntando.
http://www.desarrolloweb.com/articul...os-jquery.html
Un saludo.