Para el antivirus, sobre Linux quizás tu mejor opción sea clamav.
Para borrar archivos de cierta extensión, bastaría con algo como
Código bash:
Ver originalfind /carpeta -iname "*.exe" -o -iname "*.bat" -delete
ahora, ¿por qué hacer eso en una máquina con linux? en los sistemas unix las extensiones no son importantes, lo que deberías hacer para proteger esa máquina es evitar que se ejecuten programas (opción de montaje "noexec").
Saludos.