No termino de entender muy bien ni lo que buscas hacer ni el objetivo que desempeñara.
Creo que lo más simple, seria que usaras dos clases o añadiese una segunda clase indentificadora (<div class='banner into-ul'> <div class='banner exit-ul'> )
y lo selecionarias $('.into-ul') $('.exit-ul'). (ambos son .banner, pero cada cual el suyo)
otra opción es fijandonos en la estructura que tienes y partiendo del div con class container
$('.container > .banner') (para el de dentro del ul)
$('.container > span > .banner') (para el de fuera del ul)
Sobre el uso de la etiqueta span que comenta caricatos, ciertamente es un elemento destinado a ser inline [ya tu con display de css puede hacer lo que te de la gana, como si quieres usarlo como tabla o como block o lo que sea] Pero en correccion semantica, creo que lo mas adecuado seria que usaras la etique <aside> de html5, que esta expresamente pensada para contenido no relacionado directamente con la página. (si es un banner de publicidad imagino que no tendra que ver).
Espero que fuera esa la ayuda que necesitabas, si no es asi o tienes mas duda, consulta de nuevo.
Un saludo.