Hola:
Echale un ojo a este enlace
http://chuwiki.chuidiang.org/index.p...hread)_de_Java
Posiblemente lanzas tu código en la pulsación de algún botón, bloqueando todo el hilo de repintado y no viendo nada hasta que termina tu hilo con todo su proceso. Como se comenta en el enlace, la solución es lanzar un hilo aparte para hacer toda esta operación.
Se bueno.