Lo puedes hacer haciendo uso de split y join.
Primero voy a suponer que por posición te refieres a los guiones bajos.
Código Python:
Ver originaldef insert_on(line, separator, chunck, position):
line = line.split(separator)
line.insert(position, chunck)
return separator.join(line)
print insert_on("absdsdj34387385734_1_aqs_bn_0", '_', 'AAA', -1)
print insert_on("absdsdj34387385734_1_aqs_bn_1", '_', 'BBB', -1)
print insert_on("absdsdj34387385734_1_aqs_bn_2", '_', 'CCC', -1)