Tienes que añadir una comprobación entre lo que tiene el usuario y la fila actual que estamos mirando. El código debería quedar más o menos así: ($filausuario es como tu hayas llamado a la consulta al campo del usuario)
Código PHP:
<?php
while($row=mysql_fetch_array($resultado))
echo "<option ";
if ($filausuario["ciudad"]==$row["id_ciudad"]){
echo "selected='selected'";
}
echo " value='".$row["id_ciudad"]."'>".$row["nombre_ciudad"]."</option>";
?>
Un saludo y suerte!