Sin ver tu código PHP para finalizar la sesión va a ser muy difícil saber qué pasa y haremos lo mismo que tú: culpar al servidor linux.
Lo de la cookie creo que no funcionó porque los parámetros son
setcookie('nombre_de_cookie', 'contenido', fecha_expira, 'ruta_del_sitio'); y me pregunto, de dónde obtienes
$parametros_cookies["/tmp"]?
No sé donde encontraste esa información, pero tu mejor fuente debería ser el manual de PHP:
http://php.net/manual/es/function.session-destroy.php