O otra cosa que se me ocurre.
Se podra asignar un identificador solo a las etiquetas que no lo tengan? (id o class)
Código HTML:
<scritp jquery></scrip>
<div>
<div>
<div id="no modificar">
<div>
Resultdo
Código HTML:
<div id="1">
<div id="2">
<div id="no modificar">
<div id="3">