a ver si esto te sirve...
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<head><title>Probando</title>
<script type="text/javascript">
function descargar(cod) {
var a = confirm("Est\xe1 seguro de descargar?");
if(a) {
var dir = "/brumasa/reportes/reporte.php?cod=" + cod;
window.open(dir,"_blank");
}
else return false;
}
</script>
</head>
<body>
<a onclick="descargar('<?php echo $_GET['cod']; ?>')" href="#">Descargar</a>
</body>
</html>
Saludos