Finalmente cuando llegué a casa pude revisar con más tranquilidad el problema y el tema es que estás confundiendo la sintaxis de CASE en MySQL con alguna otra:
Código MySQL:
Ver originalDELIMITER $$
DECLARE feriado1
, feriado2
, resultado_fer1
, resultado_fer2
, resultado_intermedio
INT;
#feriado1 mayor q dias pedidos
SET resultado_fer1
= feriado1
- diasPedidos
; #feriado1 igual q dias pedidos
SET resultado_fer1
= feriado1
- diasPedidos
; #feriado1 menor q dias pedidos
SET resultado_fer1
= diasPedidos
- feriado1
; SET resultado_intermedio
= feriado2
- resultado_fer1
; UPDATE datos
SET fer_2
= resultado_intermedio
WHERE Fun_Codigo
= funCodigo
; #feriado2 mayor q dias pedidos
SET resultado_fer2
= feriado2
- diasPedidos
; #feriado2 igual q dias pedidos
SET resultado_fer2
= feriado2
- diasPedidos
;