Muchas Gracias C2am, esta información me fue de mucha utilidad...
Al final le agregue las propiedades float y clear al css y al parecer me funciona de maravilla:
Código:
div.margen{
width:200px;
margin:5px;
padding:0px;
background-color:#333;
color:#FFF;
clear:both;
float:left;
}