Primero, recomiendo nunca, pero nunca borrar usuarios, más bien crea una columna adicional que los inactive. Segundo depende de como quieras lograrlo,
1 puede ser con PHP y verificar contra alguna columna que muestre la última vez que se logueo ó 2 con MySQL algo así puedes hacer
Código MySQL:
Ver original KEY `last_login` (`last_login`)
--
-- Dumping data for table `test`
--
(1, 1, '2012-05-07 18:25:26'),
(2, 1, '2012-08-21 18:25:53'),
(3, 1, '2012-01-02 18:27:10');
Algo así... Eso modifica aquellos casos que no se han logueado en un periodo de más de 90 días.