El plan multidominio tiene asignado un dominio principal (si no me equivoco). El dominio principal puedes tenerlo instalado directamente en la raíz del hosting, sin subcarpetas, de modo que no sería necesaria ninguna redirección.
Para añadir los otros subdominios creas subcarpetas tal y como tienes, pero realizarás la redirección de la siguiente manera:
dominio2.dominio1.com a dominio2.com
dominio3.dominio1.com a dominio3.com
dominio4.dominio1.com a dominio4.com
Y así...
Luego el tema de las 3w, ya es según como lo tengas configurado. Yo tengo dominios sin las 3w, de modo que hago redirección de
www.dominio.com a dominio.com.