Hola:
Lo más posible, en un hosting, es que no tengas permiso de escritura en ninguno de esos dos directorios (ni en el / del primer caso que corresponde al directorio raíz del disco duro, ni en el ./ del segundo, que suele corresponder al directorio bin de ejecución de tomcat).
Echale un ojo al método getRealPath() de ServletContext
http://docs.oracle.com/javaee/6/api/...etContext.html Este método te ayudará a obtener el path en el que están los ficheros de tu aplicación (páginas jsp, servlets, imágenes, etc) y trata de escribir el pdf en ese path o por debajo de él.
Se bueno.