3 minutos para una consulta y ademas en web me parece demasiado..
lo mejor seria optimizar o bien filtrar dicha consulta...
sin embargo como medida de contención puedes modificar el timeout del comando y de la conexión sql..
pero también tendrías que considerar el request time out del servidor web así como la cantidad de información que circulara en la red...
así que lo mas sano seria optimizar tu consulta...
aqui esta un ejemplo de los parámetros de conexión sql; para el comando tendrías que aplicarle el mismo timeout de la conexión sino igual seguirá enviando el error...(para mayor referencia en el foro de .NET)
All SQL Server SqlConnection properties 
Saludos!