Pues si me preguntas, incluir archivos ocultos cuando se indica comprimir el directorio entero debería ser el comportamiento predefinido. Me extraña que debas incluir un modificador para lograr este efecto.
Habría sido más sencillo sugerirte algo si hubieses dicho a qué SO te referías cuando mencionaste "UNIX". No existe tal SO, y todos los sistemas unix tienen ligeras diferencias como estas (AIX, Solaris, HP-UX, etc)
Recuérdalo para la próxima
Saludos.