para utilazarlos solo tienes que cambiar "px" por "em" o "%" por ejemplo:
#header {width:100px;}
puedes cambiarlo por:
#header {width:10em;} o #header {width:10%;}
es aproximado tendras que ir probando las medidas y calcular igual que haces con los pixeles.
puedes leer sobre las distintas medidas
aqui