¿Como reconfigurar MySQL?

[Oracles]

El problema que me ha salido es un poco "tonto" como veréis a continuación.

Uso Ubuntu Server para mi servidor, en el que tenia instalado el MySQL (creo recordar que use el paquete de LAMPP) y cuando se instaló la primera vez un amigo se ofreció a configurarlo, y digamos que la carpeta de entrada del exterior es una por defecto, por lo que dijo que cambió cosas del MySQL. Y como hacía un par de años desde que instale Ubuntu Server quise actulicé a la última versión, y ahora todas las conexiones a la BD desde la página web que tengo allí me fallan, siempre es el mismo de error de conexión.
Al actualizar me decía si quería seguir usando los viejos archivos, le dije que no pero como así no hacía caso decidí remplazar, y creo que ese fue mi error.

Por lo que creo que debo reconfigurarlo, pero no se cual es el archivo que hay que modificar. He buscado por Google y todo lo que encuentro es como instalar el MySQL, nada de como configurarlo, y un par que encontré no me sirvieron para mucho.

Si me podéis ayudar a solucionar este problema sería de agradecer. Gracias de ante mano a todos.