Es la manera correcta de crear un sitio web esta?

[Nemutagk]

No, no es una buena manera, es una "manera aceptable", tu idea es correcta pero mal implementada, NUNCA le debes dar a entender a los visitantes que esta incluyendo un archivo directamente, con lo que haces un usuario mal intencionado podrá acceder a cualquier archivo, este o no dentro de la carpeta publica de Apache, por lo tanto será un enorme agujero de seguridad, si piensas hacer eso debes crear una "lista" de archivos validos para cargar de esa forma...

index.php, el cual se encargará de incluir los archivos necesarios...

Código PHP:

$pagina = isset($_GET['modulo']) ? $_GET['modulo'] : 'index';
$file = '';
switch($pagina) {
     case 'index':
          $file = 'inicio.php';
          break;
     case: 'otrapagina':
          $file='otrapagina.php';
          break;
     default:
          $file='archivo_no_encontrado.php';
          break;
}
 
include($file);
 

Unicamente tendrías que crear los links de la siguiente manera:

Código HTML:

<a href="index.php?modulo=pagina&variable1=valor&variable2=valor">Link</a>