el separador decimal es el punto, es decir que si quieres guardar un numero con dos decimales, sólo debes poner el separador decimal una sola vez.
Ejemplo: 123456789.99
no hace falta que guardes los separadores de miles.
(una vez los recuperes de tu tabla)
ya tienes funciones en php para dar formato a los numeros:
http://es.php.net/manual/es/function.number-format.php
Saludos