buenas...
jamás he tenido problema con el uso de self.opener en iexplorer. por lo que podría asegurar que por ahí no va el problema — por supuesto, siempre y cuando se trate de documentos en el mismo dominio. lo que si tengo duda es sobre el tipo de error que estás recibiendo. al menos a mi, la consola de iexplorer me notifica la excepción DOM HIERARCHY_REQUEST_ERR (3). más o menos significa que se intentó realizar una operación donde corrompe la jerarquía del documento a nivel de DOM. por ejemplo, esto suele ocurrir cuando se intenta agregar nodos en un punto específico de la jerarquía donde legalmente no debería ir. para poner un ejemplo más concreto, intenta agregar un elemento cualquiera al objeto
document.
Código:
document.appendChild(document.createElement('i'));
ahora, en el caso particular de iexplorer, el navegador levanta el error aparentemente porque las estructuras DOM de ambos documentos no están relacionado entre si. es decir, son dos ambientes distintos. por el momento, la única alternativa que se me ocurre es copiar el código fuente (innerHTML) y recrearlo en la nueva ventana.