Bueno, encontré una línea al respecto
Cita: The goal of Script Encoding is four-pronged: to provide an encoding mechanism that can be implemented without significantly affecting performance, exported without regulatory headaches, embedded within HTML and any application that uses scripting, and implemented cross-platform.
tomado de aquí
http://www.microsoft.com/mind/0899/s...riptengine.asp
Aunque quien sabe a que se refieran con eso de "sin afectar significativamente el performance"
Por otra parte el error del que habla flecodd, puede ocurrir en la forma en que utilizas el encoder, tiene una función que hace el encoding en modo silencioso, que no pone la drectiva que incica el lenguaje utlizado al inicio de la página, si no la utilizas, por default te pone esta directiva y si tienes includes en cualquier página te marcará el error de que solo puede aparecer una vez.
Una cosa más a tomar en cuenta es que no es una gran herramienta como para tomarla en serio en cuanto a seguridad se refiere, hay muchas herramientas disponibles para hacer el proceso de reversa y finalmente ver el código.
Salu2,