Asumo que hablamos de WordPress, así que te muevo para dicha sección.
Podés crear archivos del tipo: category-ID.php y WordPress automáticamente aplicará la plantilla al id correspondiente. Ejemplo:
category-3.php se aplicará sin que tengamos que hacer nada a la categoría 3.
También podemos tener un archivo category.php y dentro de él colocar condicionales para modificar funciones dependiendo de la categoría que se lista.
http://codex.wordpress.org/Conditional_Tags