Hola Eleazan muchas gracias por responder.
Al final como dice un conocido mio "menos es más"
La solución es mucho más sencilla que todo lo que estaba haciendo
Código PHP:
$sql="INSERT INTO ingrediente_final (id_codigo, id_ingrediente, cantidad) SELECT id_codigo, id_ingrediente, cantidad FROM temp_ingrediente";
$r=mysql_query($sql, $link);
Muchas gracias.