Hola:
En general en un fichero no se puede modificar información. Unicamente se puede añadir al final, o bien leerlo todo, modificar en memoria y escribirlo todo otra vez.
Si lees el fichero como un documento XML
http://chuwiki.chuidiang.org/index.p...e=Ficheros_XML , sólo tienes que leerlo, añadir/modificar en lo leído lo que quieras y volver a escribirlo entero. En el enlace tienes cómo leer y escribir.
Si lo estás leyendo como un fichero de texto, supongo que estarás usando FileReader y FileWriter o similar. FileWriter, en su constructor, tiene un boolean con el que se indica que quieres añadir al final del fichero, respetando lo que hay.
Se buena.