Teniendo en cuenta lo limitado que es ActiveRecord en CI, si, debes usar query()
No olvides usar los query bindings.
http://codeigniter.com/user_guide/database/queries.html
Código PHP:
Ver original$sql = "SELECT * FROM some_table WHERE id = ? AND status = ? AND author = ?";
$this->db->query($sql, array(3, 'live', 'Rick'));