Hola:
Cuando ejecutas un comando del sistema operativo con java, su salida estándar y de error se redirigen a java, por lo que las redirecciones "> fichero" o "2> fichero" no funcionan.
Tienes desde java que recoger esa salida y escribirla tú mismo en un fichero. Echa un ojo aquí
http://www.chuidiang.com/java/ejempl...me/runtime.php
No lo he probado, pero algo más sencillo que quizás funcione es hacer un script sh con el comando y la redirección dentro. Tendrás que probar.
Se bueno.