Desde mi punto vista:
1. Si los datos pueden crecer, son flexibles pero a la vez triviales, recomendaría un formato mas cómodo como JSON o YAML en lugar de XML.
2. Si los datos no son triviales y se implica algo seguridad, a la vez que no cambiarán mucho puede que base de datos funcione mejor, aunque yo no lo recomendaría.
Esto según lo poco que entiendo, si explicas un poco mas allá "configuraciones para mis usuarios" puede que el razonamiento cambie, al fin y al cabo tu decides que es mejor para tu sistema.
