El tema ha sido movido—evidentemente—al foro de SEO; y antes de contestarte, sólo aclarar un punto de las
Políticas Cita: 2.4 No está permitido iniciar dos o más temas con respecto al mismo tópico o asunto, ni publicar dos o más mensajes cuyos contenidos coincidan dentro de un mismo tema en un mismo foro o en vários foros. Dichos temas o mensajes publicados podrán ser eliminados o unidos sin aviso previo o posterior.
Los archivos de CSS y los de Javascript
per sé no tienen intervención alguna a la hora del posicionamiento. Por lo que podrás incluirlo en cualquier carpeta y nivel a partir del directorio raíz.
En cambio, el contenido, es mucho más sensible de como y donde lo coloques. No es nunca recomendable publicar por debajo del tercer nivel de carpetas. Si tu intención es, por cierto, que dicho contenido califique como competente para aparecer en los resultados de búsquedas orgánicos.